本校創建於民國前一年四月十一日，迄今已有八十多年光輝的歷史，曾經為地方、為國家培植了許多的人才，數十年來，幾經變更校名，也更易了多位校長及教師，茲將本校沿革簡述如下：
民國前一年四月十一日創辦小基隆公學校，即本校之前身。

民國元年四月十一日合併老梅公學校，設立為本校之老梅分校（今老梅國民小學）。
民國二年三月四日增設北新分校（今興華國民小學）。
民國三十年四月一日改為三芝國民學校。
民國三十三年三月一日附設高等科。
民國三十四年十一月二十六日臺灣光復，縣府派洪攀桂先生為首任校長。

民國三十五年五月一日簡錫棋先生接任校長。

民國三十六年十二月一日王正光先生接任校長。
民國三十七年十二月三十一日鄭石先生接任校長。

民國四十二年五月八日劉文先生接任校長。
民國四十三年八月一日設陽住分班、國基分校。
民國四十七年十月二日黃則永先生接任校長。
民國五十一年元月三日吳啟南先生接任校長。
民國五十二年八月一日陽住分班升格為陽住分校。
民國五十七年八月一日配合實施九年國民教育，改為三芝國民小學。
民國五十八年九月一日賴水田先生接任校長。

民國七十年八月一日擴編成立輔導室，設立啟智班。
民國七十年九月五日吳啟南先生接任校長。
民國七十三年八月一日許茂火先生接任校長。
民國八十一年八月一日王楚川先生接任校長。
民國八十五年八月一日張萬隆先生接任校長。
民國八十九年八月一日林秋風先生接任校長。
民國九十三年八月一日廖春蘭先生接任校長。

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